Objetivo: Verificar a associação entre a ocorrência de discrepâncias medicamentosas na admissão hospitalar e o tempo de internação em pacientes cirúrgicos em um hospital de ensino. Método: Trata-se de estudo de coorte retrospectivo, realizado com todos os pacientes internos na clínica cirúrgica no período compreendido entre os anos de 2014 a 2018. As discrepâncias foram avaliadas comparando os medicamentos da primeira prescrição médica em ambiente hospitalar e os medicamentos constantes na melhor história possível da medicação, document este constituinte do prontuário farmacêutico que detalha o uso dos medicamentos em domicílio na semana que antecede a internação. Essas informações foram obtidas através de entrevista estruturada com o paciente, aplicada por farmacêutico clínico nas primeiras 24h de entrada do paciente no hospital. Estes pacientes foram avaliados em dois grupos: (a) expostos a discrepâncias medicamentosas e (b) não expostos. As fontes de dados foram os prontuários farmacoterapêutico e eletrônico do paciente. O nível de significancia estatística foi estabelecido em p<0,005. Resultados: Foram incluidos 338 indivíduos, destes 187 (55,3 %) expostos a discrepâncias medicamentosas. A média do tempo de internação dos expostos foi de 11 dias (DP=23), já o grupo não exposto foi de 10,5 dias (DP=38) p=0,352. Observou-se que o grupo de expostos a discrepância, 112 (80,6%) indivíduos apresentavam pelo menos uma comorbidade. A média de tempo de internação dos adultos (idade até 59 anos) expostos a discrepâncias medicamentosas foi de 10,6 dias (DP=19,6) enquanto a dos não expostos foi de 8,6 dias (DP=40,5) p=0,483.No grupo de expostos a discrepância, 58 (52,7%) indivíduos adultos apresentaram pelo menos uma comorbidade, p=0,000. A média do tempo de internação dos idosos (idade acima de 60 anos) expostos à discrepância medicamentosa foi de 11,5 dias (DP= 27). Em contrapartida, a média do tempo de internação dos idosos não expostos à discrepância foi de 15,5 dias (DP= 31,7) p=0,394. No grupo de idosos expostos a discrepância, 54 (70,2%) indivíduos apresentavam pelo menos uma comorbidade. p=0,000. Conclusão: Este resultado sugere que não há associação entre discrepâncias medicamentosas na admissão hospitalar e o tempo de internação. A ocorrência de discrepâncias medicamentosas esteve associada a pacientes com comorbidades e idosos.