A vacina é um marco na história da humanidade, pois sua eficácia garantiu que diversas doenças fossem erradicadas. Entretanto, é perceptível que o número de pessoas que buscam a imunização vem decaindo, fazendo com que doenças, como o sarampo, ressurjam. Com o intuito de engajar alunos em práticas que favorecem o processo de Alfabetização Científica, este trabalho buscou analisar a construção de argumentos elaborados por alunos do 1º ano do Ensino Médio nas aulas de Biologia, por meio de uma sequência de ensino investigativa baseada no tema vacina, já que temáticas que envolvem o enfoque científico e social mostram aos alunos como ocorre a integração ciência, tecnologia e sociedade. A análise dos discursos orais dos alunos evidencia o surgimento de ricos debates sobre o tema. Todavia, os textos escritos de alguns evidenciam argumentos controversos, em que refutadores se opõem completamente às conclusões. Verificou-se ainda argumentos semelhantes aos divulgados em canais de informação, em que a vacinação é apresentada como decisão individual.