SummaryRootstocks and scions interaction causesdifferent responses within individuals of scionfrom the same clone. The objectives of thisresearch were to determine compatible anduncompatible combinations of micrograftingbetween Cinchona succirubra A, andC. succirubra B with C. ledgeriana QRC205and Cib5 clones, based on anatomy structureand SDS-PAGE protein bands pattern ofstem at union area between rootstock andscion. The research was arranged in aCompletely Randomized Design, withrootstock/scion combinations CSA/QRC205,CSA/Cib5, CSB/QRC205, CSB/Cib5 and as acontrols were the combination of CSA/CSA,CSB/CSB, QRC205/QRC205, Cib5/Cib5, succiand ledger seedlings with the same age. Effectof rootstocks on scion was studied based onanatomy structure of the union area betweenrootsocks and scions and SDS-PAGE proteinbands pattern. The results showed that theunion of stem between rootstocks and scionwas initiated by callus formation, cellsdifferentiation and the vascular vesselsformation. The anatomy of stem union area ofCSA/QRC205 as a compatible combination ofrootsotck and scion was the same asunmicrografted plantlet. At uncompatiblecombination CSB/Cib5 showed the formationof stone cells as a line along stem cyrcle atunion area and heavely callus formation atoutside of rootstock and scion stems. SDS-PAGE protein bands pattern from thecompatible combination was the same asplanlet control. On the otherhand, from theuncompatible combinations CSB/Cib5 werefound protein degradation and the formation ofnew proteins with molecular weight 21 and 30kD.RingkasanInteraksi batang bawah dengan batangatas menimbulkan berbagai keragaman responsantar individu batang atas dari klon yang sama.Tujuan penelitian ini adalah untuk me-netapkan kombinasi yang kompatibel denganyang tidak kompatibel antara kina klonCinchona succirubra A, dan C. succirubra Bdengan C. ledgeriana klon QRC205 danCib5, berdasarkan anatomi dan pola pitaSDS-PAGE protein daerah pertautan antarabatang atas dengan batang bawah. Percobaandisusun dengan Rancangan Acak Lengkapkombinasi yang diuji adalah CSA/QRC205,CSA/Cib5, CSB/QRC205, CSB/Cib5 dengankombinasi kontrol CSA/CSA, CSB/CSB,QRC205/QRC205, Cib5/Cib5, tanaman kinasucci dan ledger tanpa sambungan denganumur yang sama. Pengamatan dilakukanterhadap struktur anatomi daerah pertautanantar batang bawah dengan batang atas danpola pita protein SDS-PAGE batang atas. Hasilyang diperoleh menunjukkan bahwa tahapanpemulihan daerah pertautan penyambunganbatang bawah dengan batang atas diawalidengan pembentukan kalus, diferensiasi sel danterbentuknya jaringan ikatan pembuluhgabungan. Kombinasi antar batang bawahdengan batang atas yang kompatibel yaituCSA/QRC205 memperlihatkan strukturanatomi daerah pertautan yang serupa denganstruktur anatomi batang planlet yang tidakdisambung. Pada kombinasi yang tidak kom-patibel yaitu CSB/Cib5 pada daerah pertautanterbentuk sel-sel batu berbentuk garis yangmemanjang di tengah lingkaran batang. Disamping itu pada daerah pertautan terbentukkalus yang berlebih ke arah luar baik padabatang atas maupun batang bawah. Padakombinasi yang kompatibel pola pita proteinsama dengan planlet kontrol. Pada kombinasiyang tidak kompatibel yaitu kombinasiCSB/Cib5 terjadi degradasi protein danpembentukan protein baru dengan beratmolekul sekitar 21dan 30 kD