RESUMO A proliferação de cianobactérias em águas, principalmente em rios, está associada à ação antrópica e à poluição das águas provenientes das atividades da indústria, agricultura e à falta de saneamento básico. Muitos problemas de saúde ocorrem em razão das cianotoxinas produzidas por esses microrganismos. O presente trabalho teve como objetivo avaliar as densidades de cianobactérias e suas possíveis correlações com parâmetros físico-químicos nas águas captadas nos rios para o abastecimento do município de Joinville, a fim de verificar quais os fatores envolvidos no crescimento desses organismos entre os anos de 2015 e 2019. As quantidades de células de cianobactérias por mililitro de água dos últimos cinco anos dos rios Cubatão e Piraí foram analisadas a partir dos certificados de análise disponibilizados pela atual prestadora de serviços de abastecimento de água do município de Joinville. Constatou-se que os valores das densidades de cianobactérias aumentaram significativamente em ambos os rios a partir do ano de 2018. Os parâmetros físico-químicos analisados apresentaram baixa correlação com a densidade de cianobactérias entre 2015 e 2019 para os rios Cubatão e Piraí. Na tentativa de compreender esse aumento de cianobactérias, fatores climáticos como precipitação e média de temperatura anual foram estudados. O aumento expressivo na precipitação no mês de janeiro de 2018, seguido de um período de diminuição das chuvas, além do aumento gradativo da temperatura nos últimos anos, podem estar relacionados a essa elevação da densidade de cianobactérias entre 2018 e 2019, sendo necessário um acompanhamento dessa evolução nos rios de abastecimento da cidade de Joinville.