Los cambios producidos por actividades humanas sobre los ecosistemas acuáticos reducen y reconfiguran los hábitats disponibles. Por ello, el objetivo de este estudio fue evaluar la selección de hábitat de la nutria neotropical (Lontra longicaudis), en zonas con influencia de la represa hidroeléctrica del río Peñas Blancas y algunos de sus tributarios, con el fin de recomendar acciones para la conservación de la nutria. Se muestreó el río Peñas Blancas y tres de sus tributarios en busca de indicios de la nutria y la medición de siete variables ambientales con el fin determinar la probabilidad de ocurrencia y detectabilidad. Además, se determinó el uso de presas por parte de la nutria neotropical. Las variables ambientales mostraron que el ancho del río y la proporción de bosque fueron las variables más influyentes en la ocurrencia de la especie. El caudal de compensación del río Peñas Blancas mostró la probabilidad de ocurrencia más alta. En cuanto a la dieta de la nutria, los peces fueron la categoría de presa más frecuente en los últimos años. Los datos obtenidos indican la influencia de condiciones físicas del río sobre la ocurrencia de la nutria y la importancia de los peces como componente alimenticio.