Penelitian ini merupakan penelitian mix-method yang bertujuan mengetahui peningkatan keterampilan argumentasi mahasiswa melalui penggunaan simulasi PhET pada materi seleksi alam pada mahasiswa program studi Pendidikan Biologi dan Pendidikan Matematika UNIROW. Subjek penelitian melibatkan 30 objek penelitian mahasiswa Pendidikan biologi dan Pendidikan matematika. Teknik pengumpulan data melalui tes yang dianalisis secara kuantitatif dan kualitatif. Data kuantitatif dianalisis dengan uji paired sample T-test dan aktivitas belajar. Hasil analisis uji t menghasilkan output Sig. (2 tailed) 0,000 <0,05, maka H0 ditolak, dan HA diterima yang menunjukkan bahwa terdapat perbedaan hasil pretest dan postest keterampilan argumentasi melalui media simulasi PhET pada mahasiswa Pendidikan Biologi dan Pendidikan Matematika. Hasil keterampilan argumentasi menunjukkan bahwa profil keterampilan argumentasi mahasiswa Pendidikan biologi dominan pada level 4 dan 5 sedangkan mahasiswa Pendidikan matematika menunjukkan level 2 dan 3. Pola argumentasi mahasiswa menunjukkan hasil yang bervariasi paling tinggi dengan pola CWBDRQ dan pola paling rendah adalah CW dan CD. Perbedaan level argumentasi disebabkan karena adanya bias kebiasaan pada pembelajaran. Mahasiswa Pendidikan biologi terbiasa dengan pembelajaran praktikum dan fenomena yang dapat mengkonstruksi kemampuan mahasiswa dalam belajar sehingga keterampilan argumentasinya lebih unggul dibandingkan dengan mahasiswa Pendidikan matematika.