Atol Kaledupa merupakan salah satu kawasan yang dijadikan sebagai zona perlindungan bahari dan zona pemanfaatan lokal di Taman Nasional Wakatobi. Informasi spasial habitat bentik sangat terbatas sehingga penelitian ini diharapkan menjadi pendukung dalam strategi dan upaya pelestarian keanekaragaman hayati laut Atol Kaledupa. Penelitian ini bertujuan untuk memetakan habitat bentik Atol Kaledupa dengan menggunakan metode klasifikasi terbimbing berbasis piksel dan objek/OBIA dengan algoritma support vector machine (SVM). Data yang digunakan adalah citra satelit Sentinel-2 dengan resolusi spasial 10 x10 m yang diakuisisi pada tanggal 4 Nopember 2019. Pengamatan habitat bentik dilakukan secara langsung di lokasi penelitian dengan meletakkan transek kuadran dan mengambil titik pada area habitat yang dominan atau homogen. Transek yang digunakan berukuran 100 x 100 cm2. Klasifikasi citra menggunakan input themathic layer dari data lapangan. Hasil klasifikasi habitat bentik dikelompokan menjadi 6 kelas. Habitat bentik dapat dipetakan menggunakan metode OBIA dengan tingkat akurasi sebesar 78,1% sedangkan klasifikasi berbasis piksel memiliki akurasi keseluruhan 61,8%. Klasifikasi habitat bentik dengan algoritma SVM menggunakan metode OBIA memberikan informasi yang lebih baik dibandingkan dengan metode berbasis piksel.