Introdução: O meio acadêmico é marcado por inúmeros fatores geradores de transtornos emocionais, essa realidade pode ser agravada pela pandemia da Covid-19. Objetivo: Verificar a prevalência de sintomas de depressão e ansiedade entre os acadêmicos de fisioterapia de uma Instituição Pública de Goiás durante a pandemia da COVID-19, bem como os fatores associados a esses sintomas. Métodos: Estudo transversal analítico, realizado com alunos do curso de Fisioterapia de uma universidade pública de Goiás. Um questionário sociodemográfico foi utilizado para avaliar os hábitos de vida e saúde e perfil sociodemográfico, para avaliar os sintomas de depressão e ansiedade foi utilizado o Inventario de Beck de Depressão (BDI) e o Inventario de Ansiedade Beck (BAI). Resultados: Foram analisados 120 questionários. A mediana de idade foi de 23 anos (21,0-23,5) com predomínio do sexo feminino (85%). A prevalência de sintomas moderados a grave para ansiedade e depressão foi de 57,5% e 38,3% respectivamente. Apresentaram associação com os sintomas emocionais: relato de doença, uso de medicamentos, auto relato de ansiedade e depressão, renda salarial baixa, apoio familiar, tempo de lazer reduzido e prática de exercícios físicos (p<0,05). Conclusão: Foi encontrado alta prevalência de depressão e ansiedade nos acadêmicos de fisioterapia, os fatores associados com ansiedade e depressão foram sexo feminino, ter doença, uso de ansiolíticos e antidepressivos e tempo de lazer insuficiente. Houve associação com a ansiedade o uso de medicamentos e baixa renda e com a depressão não praticar atividade física e apoio familiar.