Introdução: Evidências têm mostrado uma associação entre anemia e Diabetes Mellitus. Contudo, a relação entre anemia e Diabetes Mellitus Gestacional (DMG) ainda não está bem estabelecida, bem como sua repercussão na instabilidade genômica. Portanto, objetivou-se verificar a associação entre anemia e instabilidade genômica em mulheres com DMG atendidas em um hospital universitário.Métodos: Estudo transversal com mulheres apresentando diagnóstico de DMG que realizaram pré-natal no Hospital Universitário de Santa Maria (RS). Informações referentes ao DMG, anemia e suplementação de ferro foram obtidas nos prontuários. A instabilidade genômica foi avaliada pelo ensaio de citoma em micronúcleos em células bucais (BMCyt).Resultados: Das 44 gestantes avaliadas, 28,6% apresentaram anemia e 79,5% foram suplementadas com ferro. Das gestantes que realizaram suplementação, 75,0% não apresentaram anemia gestacional. Níveis de hemoglobina não se associaram com a instabilidade genomica (p > 0,05), mas foi observada uma associação entre brotos nucleares e os níveis de glicemia (r = 0,977; p = 0,003). Conclusão:Não foi verificado associação entre anemia e instabilidade genômica em mulheres com DMG.