Scabies masih menjadi masalah kesehatan dan menjadi salah satu penyakit yang sering terjadi di lingkungan pondok pesantren. Beberapa penelitian sebelumnya telah membahas faktor risiko scabies pada pondok pesantren, rumah sakit, dan wilayah kerja sebuah puskesmas, tetapi belum ada yang menganalisis faktor risiko scabies pada beberapa pondok pesantren sekaligus, oleh karena itu peneliti ingin mengetahui faktor risiko skabies di pondok pesantren konvensional dan modern. Penelitian merupakan observasional analitik dengan desain case control, teknik simple random sampling. Penelitian menggunakan data primer berupa quesioner dan pemeriksaan untuk menentukan diagnosis scabies. Analisis menggunakan uji chi square. Dari 190 sampel di dapatkan hasil usia 5,5 kali meningkatkan risiko terjadinya scabies (OR=5.531; 95% CI=2.214 - 13.822), kebersihan kulit 2,7 kali meningktakan risiko terjadinya scabies (OR=2.715; 95%=1.223 - 6.027), kebersihan tangan 2,5 kali meningkatkan risiko terjadinya scabies (OR=2.499, 95%=1.296 - 4.812), kebersihan tempat tidur 3,5 kali meningkatkan risiko terjadinya scabies (OR=3.519; 95%=1.538 - 8.052). Faktor berganti pakaian, berganti alat sholat, kebersihan pakaian, dan kebersihan handuk tidak signifikan meningktakan risiko terjadinya scabies.