O presente trabalho caracteriza-se pelo estudo comparativo de desempenho das heurísticas LPT, SPT e NEH adaptadas para a resolução de problemas de sequenciamento de tarefas flowshop, com tempo de setup separado e independente da seqüência. Para realizar a análise de desempenho é considerado não só o tempo de processamento de cada tarefa para cada máquina disponível, mas também o tempo necessário para realizar a configuração das máquinas utilizadas. Com o intuito de identificar o melhor método de sequenciamento a ser utilizado, analisou-se em um banco de dados o desempenho dos métodos baseado nos resultados de makespan, de acordo com ferramentas estatísticas. Após os cálculos realizados, observou-se na primeira análise, dos métodos de ordenação SPT e LPT, o melhor desempenho do método heurístico LPT com a consideração do tempo de setup das tarefas somado aos tempos de processamento, enquanto que para o método construtivo NEH, a ordenação LPT sem considerar o tempo de setup para definição do sequenciamento das tarefas se mostrou mais efetivo. Concluiu-se também a melhor performance dos métodos construtivos NEH quando comparado aos métodos de ordenação SPT e LPT.