A agricultura é um dos fatores mais rentáveis no Brasil, além de ser uma das maneiras de sustento das famílias rurais e urbanas. As culturas mais cultivadas no Brasil são soja, milho e arroz. Fungos do gênero Aspergillus podem contaminar grãos de soja e milho durante seu armazenamento e pode produzir micotoxinas, como as aflatoxinas, prejudiciais a saúde de quem os consome.  O objetivo desse trabalho foi identificar, através de técnicas moleculares, fungos da espécie Aspergillus flavus e estabelecer uma correlação do tempo de armazenamento dos grãos com a contaminação fúngica. Foram coletadas sementes de milho e soja em diferentes silos da região de Maringá-PR, e posteriormente realizada cultura para fungos em meio de cultivo específico. Após o isolamento e caracterização dos fungos em meio de cultura, foi realizada a extração do DNA genômico e amplificação, pela Reação em Cadeia da Polimerase (PCR), das regiões IGS e β-tubulina. Os produtos de amplificação da região IGS foram submetidos a clivagem com a enzima de restrição BgIII, para a confirmação da espécie, pela técnica de PCR-RFLP. Das amostras coletadas 68,75% estavam contaminadas por Aspergillus spp., seguindo análises microbiológicas. Destas, 31,25% resultou positivo para a espécie Aspergillus flavus. Os outros 37,5% foram dadas como negativas, por vários fatores, um deles a sensibilidade da técnica de PCR. Foi possível concluir que um pouco menos da metade das amostras encontrava-se contaminada por Aspergillus spp.