El diagnóstico de pacientes con dispepsia representa un desafío ya que en la mayoría de los casos se requieren observaciones endoscópicas complejas y costosas. En este estudio, evaluamos el rol del diagnóstico de la calprotectina fecal en pacientes con dispepsia. Para ello, en el año 2019 se realizó un estudio observacional en 149 pacientes con dispepsia registrados en el Centro de Especialistas en Gastroenterología de la entidad privada Cuenca, Ecuador. Los datos disponibles abarcaron edad, sexo, signos de alarma, valores de calprotectina fecal (CF) y hallazgos endoscópicos. Los pacientes en el grupo de edad >65 años fueron los más representados, el 56.4% de la población eran del sexo femenino, el 48.57% eran CF positivos de los cuales el 86.8% poseían valores significativos de CF. CF+ se asoció significativamente con los hallazgos por EDA/colonoscopia (p<0.001). Las patologías más diagnósticas en pacientes con CF+ fueron gastropatía congestiva, metaplasia intestinal, giardiasis y poliposis. La CF se correlacionó positivamente con la presencia de hallazgos patológicos en las pruebas diagnósticas invasivas (r=0.298) y es un biomarcador no invasivo útil que se correlaciona positivamente con los hallazgos endoscópicos en el tracto gastrointestinal de pacientes con dispepsia.