As atividades de pesquisa e desenvolvimento (P&D) realizadas nos institutos públicos de pesquisa (IPPs) têm como característica uma gestão arraigada nas premissas acadêmicas, que priorizam a geração e difusão do conhecimento. Em contrapartida, a necessidade de competitividade tecnológica no mercado e a pressão pela participação, como instrumentos da política pública do esforço nacional rumo à inovação, têm pressionado os IPPs para a busca por resultados mais concretos. Esse fato acarreta a geração de grandes lacunas nos processos relacionados à gestão, induzindo a uma constante necessidade de aperfeiçoamento gerencial, no sentido de criar e melhorar ferramentas que contribuam para adequá-la à nova realidade. Este artigo propõe uma metodologia de gestão de projetos de P&D, que se baseia no direcionamento dos projetos de pesquisa para a obtenção de produtos, e considera suas características multidisciplinares e interdisciplinares e a incerteza inerentes a esse processo. Essa metodologia foi desenvolvida no Instituto de Tecnologia de Fármacos da Fiocruz e é proposta como um modelo original para instituições semelhantes.