El diagnóstico de la percepción comunitaria hacia las áreas protegidas (AP) de Manabí, Ecuador, identificó como factores importantes para la aceptación de la AP: la historia del establecimiento de la comunidad y de la AP, el origen étnico, la interacción con las instancias gubernamentales y de investigación, así como la aplicación de las políticas de conservación biológica y cultural. En las tres AP existe una baja aceptación, se percibe una imposición de los esquemas de conservación biológica y poco beneficio económico, social y cultural. La comunidad de Agua Blanca muestra cambios en la resignificación y apropiación, relacionados con la interacción académica. A más de treinta años del establecimiento de las AP, no existe clara evidencia de su eficacia en la promoción del desarrollo comunitario y en la conservación del patrimonio biocultural. Se plantea identificar el riesgo potencial de pérdida del patrimonio biocultural, promover la gobernanza así como la investigación multidisciplinaria.