Objetivo: Identificar que temas de saúde predominaram nas mensagens certificadas como fake news pelo Ministério da Saúde (MS) e que foram difundidas por redes sociais no contexto da pandemia da Covid-19 no Brasil, em sua fase inicial. Método: Pesquisa documental com abordagem quantitativa, de caráter descritivo. Os dados foram coletados em página do MS no período de fevereiro a junho de 2020, tabulados e analisados descritivamente por estatística simples e análise temática. Resultados: Foram coletadas 56 mensagens certificadas como fake news e disseminadas na fase de pandemia, denominada de preparação, alerta e primeiras respostas. Os temas principais foram: tratamento, 30,3% (17), descrédito institucional, 19,6% (11), causa, 17,8% (10), disseminação, 14,2% (8) e as demais prevenção e mimese científica com 8,9% (5) cada. O mês de fevereiro registrou o maior número de postagens, sendo os temas causa e tratamento os mais expressivos, e no mês de março o tema tratamento passou a predominar. Conclusão: A proliferação de mensagens falsas afeta a saúde individual e coletiva. O descrédito da ciência e de instituições, incluindo o Sistema Único de Saúde (SUS), configurando-se em tema constante e nefasto para o controle da pandemia.