Introducción La obesidad afecta al 22.1% de la población ecuatoriana y su prevalencia continúa en aumento. La cirugía bariátrica constituye una opción efectiva para su tratamiento pero alcanza apenas al 1% de la población afectada. Objetivo Describir la experiencia en la implementación del programa de cirugía bariátrica en el Hospital de Especialidades de las Fuerzas Armadas N°1. Materiales y métodos Estudio observacional, retrospectivo, desde febrero del 2016 hasta febrero del 2019; se incluyó características demográficas, seguimiento prequirúrgico, evolución del peso antes y después del procedimiento a corto, mediano y largo plazo. Resultados Se incluyeron 39 individuos, 74.36% fueron mujeres y el 25.64% hombres. La edad media fue 45.97 años (DS ±9.91 años); el índice de masa corporal medio en la primera valoración fue 41.04 kg/m2 (DS ±5.08), al primer mes se logró un porcentaje de reducción del exceso de peso del 21,75 % (DS ±14,66), al tercer mes del 42,84 % (DS ±18,27) y al año del 66,28 % (DS ±12,60), sin embargo, 13 pacientes abandonaron el seguimiento. Conclusión A pesar de la dificultad técnica y operativa para implementar un programa de cirugía bariátrica, queda demostrado su beneficio. Además, se debe enfatizar en que el seguimiento representa un pilar fundamental para el éxito de la cirugía a largo plazo.