Métodos: El estudio se realizó en siete poblaciones representativas de su distribución natural en México, con muestras de acículas de 112 árboles analizadas con cinco microsatélites de núcleo. Los datos se evaluaron con parámetros de la genética de poblaciones y métodos de aproximación Bayesiana. Resultados clave: La heterocigosidad promedio esperada (He=0.557) fue más alta que la observada (Ho=0.375). Las poblaciones no se encuentran en equilibro Hardy-Weinberg, con una endogamia significativa (FIS=0.259) y tamaños efectivos reducidos (Ne entre 375-425); están estructuradas en tres grupos genéticos (FST=0.158), con valores altos del índice Mc (0.186-0.283), sugiriendo eventos de declinamiento demográfico ancestral (entre 11,910 y 23,820 años atrás), asociados con los cambios climáticos del Pleistoceno. Conclusiones: El estudio demuestra que P. remota contiene una variación genética considerable, pero estructurada espacialmente y asociada a cuellos de botella ancestrales. Además, se confirma que P. catarinae es su sinónimo. La especie ha sido capaz de subsistir y adaptarse a condiciones ambientales locales. Con este conocimiento se plantean estrategias para la conservación de las poblaciones remanentes de la especie.