-Genetics play an increasingly important role in the conservation of threatened fish populations. We have examined twelve microsatellite markers to determine the genetic diversity of a brood stock of brown trout from the Latvian Daugava river basin, used in a local supportive breeding program and compared diversity values to other Baltic populations. Allelic data was further inspected for indications of increased inbreeding. Additionally, we have analyzed the mitochondrial control region to classify the population within a broader phylogenetic framework. We found that the genetic diversity was comparatively low, but there was no strong evidence of high inbreeding. A newly detected mitochondrial haplotype indicates unnoticed genetic diversity of "Atlantic lineage" brown trout in the Daugava basin region. Our study provides first genetic details on resident brown trout from the Baltic Daugava river basin to improve the regional conservation management of this valuable genetic resource and contributes phylogeographically useful information.Keywords: ex situ conservation / individual inbreeding coefficient F / D-loop / effective population size N e / salmonids Résumé -Diversité génétique d'un stock de géniteurs de truite brune (Salmo trutta) du bassin de la Daugava. La génétique joue un rôle de plus en plus important dans la conservation des populations de poissons menacées. Nous avons examiné douze marqueurs microsatellites pour déterminer la diversité génétique d'un stock de géniteurs de truite du bassin letton de la Daugava, utilisé dans le cadre d'un programme de reproduction locale et comparé les valeurs de diversité à celles d'autres populations baltes. Les données sur les allèles ont été analysées plus à fond afin de déceler des signes d'augmentation de la consanguinité. De plus, nous avons analysé la région de contrôle mitochondrial pour classer la population dans un cadre phylogénétique plus large. Nous avons constaté que la diversité génétique était comparativement faible, mais qu'il n' y avait pas de preuves solides de consanguinité élevée. Un haplotype mitochondrial nouvellement détecté indique une diversité génétique inaperçue de la truite de "lignée atlantique" dans la région du bassin de la Daugava. Notre étude fournit les premiers détails génétiques sur la truite résidente du bassin de la Daugava baltique afin d'améliorer la gestion régionale de la conservation de cette ressource génétique précieuse et fournit des informations utiles sur le plan phylogéographique.