Trata-se de estudo qualitativo sobre o papel da supervisão acadêmica do Grupo Especial de Supervisão do Projeto Mais Médicos para o Brasil de Roraima (GES-RR) durante a pandemia de Covid-19. Foi realizada uma cartografia, com entrevistas e uma roda de conversa. Durante a pandemia, a Atenção à Saúde Indígena passou por rearranjos e a supervisão acadêmica do GES-RR exerceu-se remotamente, o que reduziu seu potencial, mas manteve sua relevância. O acolhimento dos médicos pelos supervisores potencializou a capacidade transformadora da assistência e diminuiu a sensação de isolamento e abandono. O GES-RR foi importante para a mediação de conflitos com a gestão, para a qualificação do trabalho médico, para a reflexão sobre as relações e condições de trabalho e como espaço privilegiado de Educação Permanente em Saúde. O estudo mostrou a importância dos papéis exercidos e da retomada presencial em momento oportuno.