El manzano (Malus spp.) es un frutal distribuido mundialmente, con más de 30 especies y casi 1000 variedades. El municipio de Zacatlán, ubicado en la Sierra Norte de Puebla, México, es el principal productor en el estado y se le reconoce por su tradición en el cultivo y aprovechamiento de este frutal, así como por la abundancia y variabilidad de cultivares, destacando los ‘locales’ o ‘tradicionales’. No obstante, esta diversidad regional no ha sido caracterizada; por ello, este estudio tuvo como objetivo identificar la variación fenotípica presente en una muestra de árboles de manzana del municipio de Zacatlán, mediante una caracterización in situ. Para tal fin, durante los años 2015 y 2016, en ocho huertos, ubicados en cinco localidades, se caracterizaron 103 árboles pertenecientes a 36 variedades (24 ‘tradicionales’ y 12 de ‘reciente introducción’), utilizando 49 variables que incluyeron características morfológicas de fruto, flor y hoja, bioquímicas de fruto y atributos de árbol. Los datos se sometieron a análisis de varianza de una vía y a análisis multivariados (de componentes principales, de conglomerados y de varianza). Hubo diferencias significativas entre árboles en el 100 % de las variables analizadas, de las cuales, 16 variables de fruto, hoja, flor y árbol (que incluyeron 12 características morfológicas, dos bioquímicas y dos fenológicas) fueron las más importantes para explicar la variación observada. Se formaron cinco grupos que representan la diversidad en el municipio, los cuales se diferenciaron estadísticamente con nueve de las 16 variables: valor de luminosidad de cáscara y pulpa, número de lenticelas, firmeza de fruto, ancho de sépalo, color de capullo, largo del peciolo de la hoja, días a inicio de cosecha y grados Brix. Se concluye que en un área pequeña, como la del municipio de Zacatlán, Puebla, existe una amplia diversidad de manzano.