Giardia spp. e Cryptosporidium spp. são protozoários patogênicos de transmissão fecal oral de veiculação hídrica, que causam vários problemas de saúde, como doenças gastrointestinais associados com consumo de água contaminada. Devido à escassez de dados sobre a ocorrência destes protozoários em águas superficiais no Sul do Brasil, este estudo teve como objetivo analisar a presença de cistos e oocistos na água bruta das estações de tratamento de água no município de Blumenau, SC, Brasil. Para a pesquisa dos protozoários foi utilizada a metodologia de filtração em membranas de ésteres mistos de celulose, seguida por reação de imunofluorescência utilizando o kit Merifluor®. Para as análises microbiológicas, empregou-se a metodologia do “Standard Methods for the Examination of Water and Wastewater”; para as análises físico-químicas foi utilizada sonda multiparâmetros. Cistos de Giardia spp. foram encontrados em 23,19% das amostras e oocistos de Cryptosporidium spp. em 7,24% do total de amostras analisadas (n=67). Todas as amostras analisadas apresentaram contaminação por Escherichia coli e 11,76% apresentaram valores de turbidez da água bruta acima do recomendado. Nas análises da turbidez da água tratada 23,52% apresentaram valores acima do preconizado pela Portaria 2914/2011. A detecção de protozoários patogênicos na água bruta das estações de tratamento de água aponta para a importância de adoção de medidas preventivas, como a proteção de áreas de mananciais e tratamento adequado do esgoto doméstico objetivando reduzir os riscos de transmissão de protozoários por meio da água de consumo humano na região de Blumenau, SC, Brasil.