RESUMEN Los principales objetivos de la investigación fueron detectar en función con la edad, la prevalencia de los genotipos de alto y bajo riesgo oncogénico de virus del papiloma humano (VPH) en muestras cervicales de las mujeres en los catorce cantones de la provincia de Azuay. El proyecto abarcó el diagnóstico histopatológico de las lesiones cervicales intraepiteliales y la relación de los genotipos encontrados, con los factores de riesgo y las vacunas existentes que se utilizan como medida de prevención de cáncer de cuello uterino. Fueron examinadas muestras de frotis cervicales de una población aleatoria de 500 mujeres con la prueba de Papanicolaou (Pap), usando la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (PCR). El estudio reveló una prevalencia de VPH de 25.6%; 4.8% genotipos oncogénicos de bajo riesgo y el 20.8% genotipos oncogénicos de alto riesgo respectivamente, y sólo en el grupo de edad de 20 a 29 años, una significativa prevalencia mayor de los genotipos de alto riesgo 31 y 66 (p<0.05). Las células escamosas atípicas de significado indeterminado (ASCUS) representan el 7% y la lesión intraepitelial escamosas de bajo grado (LIEBG) 1.8%. Por otra parte no se identificaron lesiones escamosas intraepiteliales de alto grado. De la población encuestada 2.8% de las mujeres poseen genotipos virales que son tratables por las vacunas distribuidas por el Ministerio de Salud Pública (MSP). Palabras clave: VPH, PCR, genotipo, riesgo oncogénico, muestra cervical.