A prática interprofissional colaborativa tem sido recomendada para promover melhorias no processo de trabalho e na qualidade do cuidado em saúde no SUS. O objetivo deste trabalho é relatar as experiências e percepções dos discentes e preceptores integrantes do Programa de Educação pelo Trabalho para a Saúde (PET-Saúde/interprofissionalidade) em dois serviços públicos de saúde, analisando como as competências da comunicação e resolução de conflitos se articulam na construção da prática colaborativa, interprofissional e no cuidado em saúde. Trata-se de um relato de experiência, a partir de registros em diários de campo, discussões de casos e entrevistas semiestruturadas (profissionais do SUS) entre junho de 2019 e fevereiro de 2020. Foram observadas dificuldades na comunicação e a existência de ambientes conflituosos nos serviços, além de visões tradicionais perante o conflito, o que implica em uma aversão sistemática ao que seja a ele relacionado. Também se constatou a prevalência do desconhecimento sobre educação interprofissional e a prática colaborativa entre os profissionais. Considerando que os conflitos eram mais recorrentes em virtude dos problemas na comunicação, o PET-Saúde possibilita a formação de um novo fazer saúde pelos profissionais, à medida que trabalha modelos de comunicação assertivas e a mediação de conflitos nos processos de trabalho, articulando tais competências colaborativas para a promoção da interprofissionalidade e a qualificação do cuidado em saúde.