Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui presentase ketuntasan belajar, analisis kesulitan belajar serta penyebab kesulitan belajar siswa dalam mempelajari materi monera. Jenis penelitian yang digunakan yaitu deskriptif kunatitatif. Populasi penelitian adalah seluruh siswa kelas X IPA yang terdiri 142 siswa. Sampel penelitian berjumlah 45 siswa dan diambil menggunkan teknik simple random sampling. Analisis data menggunakan statistik deskriptif. Teknik pengumpulan data menggunakan tes, angket, dan wawancara. Hasil penelitian menunjukkan bahwa siswa mengalami ketidaktuntasan belajar dengan presentase sebesar 26,66%. Kesulitan belajar tertinggi terdapat pada indikator menyelidiki reaksi tubuh yang terinfeksi oleh bakteri sebesar 66,66%, dan kesulitan belajar terendah terdapat pada indikator memprediksi bentuk bakteri penyebab penyakit kolera sebesar 33,33%. Penyebab kesulitan belajar yang tertinggi pada indikator kebiasaan siswa dalam belajar sebesar 67,09% dan terendah pada indikator sifat dari materi pelajaran monera sebesar 53,40%.