O programa de melhoramento genético de arroz do Instituto Agronômico visa a obtenção de cultivares de arroz altamente produtivas, características tecnológicas desejáveis e resistência a doenças. O presente estudo avaliou genótipos de arroz integrantes dos ensaios comparativos avançados quanto à qualidade sanitária e severidade de manchas nas sementes, peso das sementes por panícula e esterilidade das espiguetas. A qualidade sanitária das sementes variou conforme o sistema de cultivo, com alta incidência dos fungos Pyricularia grisea, Bipolaris oryzae e Microdochium oryzae no cultivo inundado, enquanto que sob irrigação por aspersão predominaram Pyricularia grisea, Phoma sorghina e Drechslera spp. A severidade de manchas nas sementes apresentou correlação negativa com peso da panícula e número de grãos cheios, e positiva com número de grãos chochos e porcentagem de esterilidade. Destacaram-se em condições de cultivo irrigado por inundação as linhagens IAC 1817 e IAC 1818, apresentando os menores índices de severidade de manchas, e também baixas porcentagens de esterilidade e altos pesos de grãos por panícula. Em terras altas sob irrigação por aspersão, destacaram-se a linhagem IAC 1776 e a cv. Bonança, com os menores índices de severidade de manchas, e a linhagem 1781, com baixas incidências dos mais importantes patógenos, e também baixa esterilidade. Esses resultados serviram como indicadores do nível de resistência e/ou tolerância dos genótipos a manchas de grãos.