Introdução: A cárie dentária é a doença mais prevalente no ser humano, sendo caracterizada pela destruição progressiva dos dentes afetados. Para que ocorra são necessários um hospedeiro susceptível, uma microbiota bucal cariogênica, principalmente os estreptococos do grupo mutans (EGM), e um substrato adequado, os quais devem estar presentes por um período de tempo suficiente. Dos agentes antimicrobianos disponíveis para uso dentário, a clorexidina é um dos mais eficazes em reduzir a proporção de alguns microrganismos, especialmente os EGMs. Objetivo: O objetivo do estudo foi comparar a eficácia de duas formas de clorexidina a 1% (gel e dentifrício) aplicadas em escolares, sob escovação supervisionada, fora do ambiente de consultório odontológico, na redução dos níveis salivares de EGM. Material e métodos: A amostra foi composta de 30 crianças e separada em dois grupos: grupo A (dentifrício) e grupo B (gel). As escovações foram realizadas uma vez por semana durante quatro semanas consecutivas. Anteriormente à primeira escovação e 30 minutos após a escovação da quarta semana, realizou-se a coleta salivar. Foram preparadas diluições seriadas decimais das amostras de saliva até a diluição 10-3. Amostras das diluições foram semeadas em meio de cultivo ágar Mitis Salivarius bacitracina sacarose (MSBS), seletivo ao crescimento de EGM. Resultados e conclusão: Após contagem das unidades formadoras de colônia de EGM, foi realizada a média das quadruplicatas para obter o valor de crescimento. Apenas o grupo dentifrício apresentou redução nos níveis salivares de EGM, não sendo estatisticamente significativa pelo teste t de Student (alfa = 0,05).