Los murciélagos son indispensables para la polinización de cultivos, el control de insectos y de plagas agropecuarias y humanas que pueden ser vectores de zoonóticas. Sin embargo, se desconoce cuál es el estado de las comunidades y estructura biológica de estos en la Reserva Indio Maíz, que a su vez funcionan como bioindicadores de conservación de agroecosistemas. Para este fin se caracterizaron los agroecosistemas de la reserva. Se utilizaron redes de niebla para la captura de especímenes registrando peso, tamaño y estado sexual. Se identificaron taxonómicamente por agroecosistema. La comparación entre estos es resultado de los índices de biodiversidad y similitud. Se capturaron 384 individuos y 39 especies distribuidas en ocho familias y cinco subfamilias. El 71% del total de individuos se encuentran en un buen estado de salud. El índice de Shannon indica que el bosque húmedo fue el más alto de todos los agroecosistemas. La subfamilia Phyllostominae fue más representativa en cuanto a especies. Esta familia aparece con la más representatividad en cuanto a especies que se distribuyen de manera equitativa. Esto concuerda con otros estudios realizado sobre la familia de los Phyllostomidae ya que estos grupos de animales son más intolerantes a perturbación de hábitat.