El Estado se conoce como el garante del servicio de educación superior. Sin embargo, este no siempre tiene la capacidad operativa para garantizar una adecuada cobertura en la prestación del servicio, y por ello delega en actores públicos y privados esta responsabilidad, so pena de comprometer la calidad del mismo. En este sentido, el objetivo de este artículo es comparar, a partir de una medición holística, la eficiencia entre la gestión pública y la privada de las universidades colombianas para orientar la formulación de políticas públicas en educación superior. Es así como se estimó una metafrontera de eficiencia utilizando el análisis envolvente de datos (DEA, por sus siglas en inglés), que incluye el desempleo formal como variable de bad output, para recoger información acerca del efecto no deseado en la prestación de servicio de las 122 universidades analizadas. Aunque no fue posible comprobar diferencias significativas entre la gestión pública y la privada de las universidades, sí se pudieron evidenciar escenarios donde la política pública puede ayudar a mejorar el desempeño del sistema, atendiendo diferencias por el tipo de propiedad y la ubicación geográfica. Dentro de las conclusiones principales se destaca la importancia de las particularidades regionales para consolidar de manera selectiva las asociaciones público-privadas y mejorar el desempeño del sistema en su conjunto.