Pelaksanaan sistem presensi pada Jurusan Teknologi Informasi di Politeknik Negeri Malang perlu dikembangkan agar lebih efektif dalam implementasinya. Efektifitas yang dimaksud adalah mahasiswa tidak perlu lagi untuk mengambil lembar presensi saat akan melakukan presensi perkuliahan dan mengembalikan lembar tersebut setelah selesai melakukan presensi. Penelitian ini bertujuan untuk membangun suatu sistem presensi untuk menjawab permasalahan yang telah dipaparkan. Dalam pembangunan sistem presensi, digunakan 2 algoritma yaitu DS RSA dan Template Matching. Algoritma DS RSA yang disisipkan pada pembangkitan QR Code digunakan demi keamanan dan reliabilitas pada pengacakan kunci yang telah diinisialisasi oleh algoritma DS RSA. Pengacakan itu bermaksud untuk memberikan batasan pada mahasiswa agar tidak bisa melakukan presensi jika kelasnya tidak sesuai. Sedangkan untuk Template Matching digunakan untuk pengecekan wajah mahasiswa. Hal ini dilakukan untuk memastikan bahwa mahasiswa tersebut hadir pada kelas dan dosen dapat mengantisipasi adanya kecurangan mahasiswa dalam melakukan absensi. Penerapan sistem presensi ini membutuhkan setiap mahasiswa untuk memfoto wajah mereka lalu membaca QR Code yang telah dibangkitkan dengan smartphone sesuai dengan kelas dan ditampilkan pada layar proyektor kelas. Penelitian ini berhasil membangun sistem presensi berbasis QR Code dengan mengimplementasikan algoritma DS RSA dan template matching. Sistem pembangkitan QR Code ini memiliki reliabilitas sangat baik dan akurasi tertinggi dari algoritma template matching adalah 93.33% dengan jumlah 80 template.