The performance of eight microbial source tracking (MST) markers was evaluated in a low-resource, tropical community located in Iquitos, Peru. Fecal samples from humans, dogs, cats, rats, goats, buffalos, guinea-pigs, chickens, ducks, pigeons, and parrots were collected ( n = 117). All samples were tested with human ( BacHum, HF183-Taqman ), dog ( BactCan ), pig ( Pig-2-Bac ), and avian ( LA35, Av4143, ND5, cytB ) markers using quantitative PCR (qPCR). Internal validity metrics were calculated using all animal fecal samples, as well as animal fecal samples contextually relevant for the Peruvian Amazon. Overall, Pig-2-Bac performed best, with 100% sensitivity and 88.5% specificity to detect the correct fecal source. Human-associated markers showed a sensitivity of 80.0% and 76.7%, and specificity of 66.2% and 67.6%. When limiting the analysis to contextually relevant animal fecal samples for the Peruvian Amazon, Av143 surpassed cytB with 95.7% sensitivity and 81.8% specificity. BactCan demonstrated 100% sensitivity and 47.4% specificity. The gene copy number detected by BacHum and HF183-Taqman were positively correlated (Pearson's correlation coefficient: 0.785), as well as avian markers cytB with Av4143 (Pearson's correlation coefficient: 0.508) and nd5 (Pearson's correlation coefficient: 0.949). These findings suggest that markers such as Av4143, Pig2Bac, cytb and BacHum have acceptable performance to be impactful in source attribution studies for zoonotic enteric disease transmission in this and similar low-resource communities.

Fue estimada la diversidad específica de la familia Loricariidae (Siluriformes, Pisces) en las 10 provincias de la región San Martín (Amazonia peruana). Para la caracterización molecular fueron obtenidas las secuencias nucleotídicas del gen mitocondrial Citocromo C Oxidasa sub unidad I (COI). El análisis filogenético de las secuencias confirmó la presencia de 16 especies, distribuidos en nueve géneros. Los valores de la riqueza observada y la riqueza esperada muestran a la provincia Picota como la de mayor riqueza (siete especies), contrariamente la provincia Rioja fue la que presentó la menor riqueza observada (una especie), seguida por la provincia El Dorado (dos especies). El análisis de componente principal (PCA) nos permitió observar la importancia que tiene la especie Chaetostoma sp. 1 en la provincia Rioja, así como Ancistrus sp. 2 para la provincia San Martín. Además nuestros resultados muestran que la especie más abundante en la región San Martín fue Chaetostoma sp. 1, mientras que la de menor abundancia fueron Aphanotorolus emarginatus y Chaetostoma sp. 3. La especie de mayor distribución fue Ancistrus sp. 2 encontrándose en seis provincias, seguida de las especies Chaetostoma stroumpoulos y Chaetostoma sp. 1 quienes estuvieron presentes en cinco provincias diferentes de la región San Martín. Las especies Pterygoplichthys pardalis, Aphanotorulus emarginatus, Chaetostoma sp. 3, Ancistrus sp. 1 y Farlowella smithi estuvieron restrictas cada una a solo una provincia. Las especies comerciales conocidas como carachama parda P. pardalis y carachama negra Hypostomus hemicochliodon fueron poco frecuentes en las capturas (seis y 11 individuos respectivamente), la primera estuvo restricta solo a la provincia de Picota, en tanto que la segunda fue encontrada en las provincias de Bellavista, Huallaga y Picota. Los resultados muestran que si bien la diversidad de especies de loricáridos no es tan diversa como en la selva baja, algunas especies de esta familia están bien distribuidas y son bastante abundantes en esta región.