Perairan Teluk Ambon terbagi atas Teluk Ambon Dalam (TAD) dan Teluk Ambon Luar (TAL) yang dipisahkan oleh ambang Galala-Rumah Tiga yang sempit dan dangkal (12 m) yang mengakibatkan proses pertukaran massa air antara TAD dan TAL tidak mengikuti pola pasang surut harian. Tujuan penelitian ini adalah menganalisa distribusi vertikal dan horizontal massa air Teluk Ambon berdasarkan distribusi suhu dan konsentrasi klorofil-a. Penelitian dilakukan pada musim peralihan II di bulan November 2018. Pengukuran suhu dan konsentrasi klorofil-a dilakukan secara in situ dengan menggunakan CTD, dan analisa sebaran vertikal dan horizontal dari suhu dan klorofil-a dilakukan dengan menggunakan Surfer dan ODV. Suhu massa air di lapisan permukaan (0-5 m) Teluk Ambon secara keseluruhan 29.2℃, sedangkan suhu di lapisan kedalaman 15-40 m dijumpai berbeda antara di TAD yang lebih dingin (27.7-28.2℃) dari massa air di TAL (29.2-28.7℃). Untuk konsentrasi klorofil-a, ditemukan lebih tinggi di TAD pada semua kedalaman dan di kedalaman > 12 m terlihat dengan jelas lebih tinggi nilainya di TAD yaitu 1 mg/m3 dibandingkan dengan di TAL 0.3 mg/m3. Hal ini menunjukan bahwa keberadaan ambang mengakibatkan aliran massa air antara kedua bagian teluk terhalang dan hal ini dapat dilihat berdasarkan karateristik massa air secara vertikal dan juga horizontal berbeda nilai suhu dan konsentrasi klorofil-a antara TAD dan TAL.