Objetivo. Realizar una búsqueda de Hantavirus y Arenavirus en pequeños roedores y establecer su distribución espacial en diferentes ecosistemas del municipio de Villavicencio, departamento del Meta, Colombia. Materiales y método. Se realizó un estudio descriptivo de corte transversal, entre octubre de 2018 octubre de 2019 en zonas periurbanas y rurales del municipio de Villavicencio. Se capturaron roedores empleando trampas tipo Sherman. La detección molecular de Hantavirus se llevó a cabo usando cebadores forward SAHN-S y reverse SAHN-C y para Arenavirus cebadores forward GP878+ y reverse GP1126.  Resultados. Un total de 50 roedores fueron capturados, el éxito de captura fue del 1.7%. Los roedores capturados pertenecían a 3 familias y 6 especies, las familias más frecuentes fueron Muridae (76%) Cricetidae (22%) y Echimydae (2%). Todas las muestras resultaron negativas para Hantavirus y Arenavirus. Conclusión. El estudio de pequeños roedores contribuye con la vigilancia de enfermedades transmitidas por estos mamíferos que actúan como reservorios.