The software GINsim for the logical modelling of genetic regulatory networks together with the PN model of the regulated Trp biosynthesis pathway are available at: http://gin.univ-mrs.fr/GINsim.

A recent model proposing that a barrier is raised against tumor evolution in pre-cancer tissues is investigated. For that we quantify expression alterations in genome maintenance pathways: DNA damage response, death pathways and cell cycle and also differentially expressed genes in transcriptomes of pre-cancerous and cancerous lesions deposited in the GEO database. We find that the main alterations in pre-cancer samples comprising the barrier are: (1) DNA double strand-breaks signaling and repair pathways induction, (2) upregulation of cyclin-dependent kinases, (3) p53 dependent (and independent) repair and apoptosis pathways induction and (4) replicative senescence induction early in tissue transformation. In the cancer samples we find that the induced pathways in pre-cancer are systematically inhibited and the only remaining induced pathway is p53, whereas the retinoblastoma pathway arises induced in most samples. The results give support to the model, furthermore they reveal the involvement of additional mechanisms in pre-cancer, including the early induction of replicative senescence and of p53 independent apoptosis.

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O câncer manifesta-se a partir de uma transmutação genética, ou seja, uma modificação no DNA que passa a transmitir informações erradas para o desenvolvimento de suas atividades, ocorrendo assim em genes especiais nomeados como proto-oncogenes. A leucemia é um dos cânceres mais conhecidos e acometem os glóbulos brancos que perdem suas funções e passam a se multiplicar descontroladamente. No entanto a terapia gênica, ainda experimental, busca substituir o gene defeituoso, pelo gene normal. O uso terapêutico de inibidores da tirosino quinase (mesilato de imatinibe), reduz significativamente a progressão da doença e elimina os principais sintomas da fase crônica da leucemia, aumentando assim a expectativa de vida. Os objetivos deste trabalho são analisar a expressão diferencial que estão relacionadas ao desenvolvimento da leucemia mediante a sua evolução ou tratamento usando Imatinibe. Os estudos foram realizados em linhagens celulares submetidos por análises de microarranjos de amostras de Leucemia Mielóide Aguda Bialélica e Leucemia Mielóide Crônica.  Foram utilizadas microarranjos da Affymetrix Gene Chip HU133 de células de Leucemia Mieloide extraídos do banco de dados Gene Expression Omnibus. Dentre os resultados obtidos o gene FCAR atua no sistema imune de pacientes com Leucemia, ele é um receptor da glicoproteína transmembrana presente, genes dessa família são usados em imunoterapia usando células T, diferencialmente expresso e está atuando na ativação do sistema imunológico no tratamento da Leucemia Mielóide Aguda. Com isso é possível utilizar as ferramentas de análise de expressão gênica como meio para localizar genes diferencialmente expressos e assim determinar novas terapias gênicas.