RESUMENIntroducción: la agenesia dental no sindrómica (ADNS) genera efectos negativos en la salud oral y psicosocial de los seres humanos. El determinante genético desempeña un papel importante en su desarrollo. Objetivo: determinar la frecuencia de los polimorfismos rs104893850 de MSX1 y rs28933373 de PAX9 en pacientes de seis a 18 años con ADNS. Material y métodos: estudio transversal prolectivo en el cual se revisaron individuos de seis a 18 años sin defectos congénitos y originarios del estado de Durango. Después de haber obtenido su consentimiento para formar parte del estudio, se estableció el diagnóstico de ADNS a través de una inspección clínica odontológica y un examen radiográfico. Se tomó una muestra de sangre capilar para la genotipificación de los polimorfismos a través de la técnica de qPCR-HRM. Resultados: de un total de 124 individuos, 77 (62%) mujeres y 47 (38%) hombres; sólo 39 presentaron ADNS. En el análisis polimórfico de rs104893850 de MSX1 y rs28933373 de PAX9 se obtuvo 94.9% y 84.6% respectivamente de homocigotos mutados. Conclusiones: se obtuvo una alta frecuencia de hipodoncia, el diente que mostró más agenesia fue el órgano dentario 18. Las mutaciones polimórficas están presentes en una alta proporción de agenesia dental.