Objetivo: realizar uma revisão integrativa sobre a função dos prebióticos e probióticos na manutenção da saúde, bem como suas aplicações no tratamento da constipação idiopática crônica (CIC), da síndrome do intestino irritável (SII) e da doença inflamatória intestinal (DII).  Metodologia: trata-se de uma revisão integrativa da literatura, cuja busca dos estudos foi realizada nas bases de dados Cochrane e PubMed, com análise de trabalhos publicados nos últimos dez anos (2010-2020) escritos em inglês. Resultados: O uso de probióticos na CIC e SII mostrou efeitos benéficos na redução dos sintomas dessas doenças, modificação na microbiota e melhora na qualidade de vida dos pacientes. Na CIC, a inulina foi o prebiótico com mais efeitos positivos na sintomatologia da doença. Na DII, o uso de prebióticos e probióticos mostrou efeitos benéficos discretamente maiores para a RCU do que para a DC. Conclusão: Prebióticos e probióticos podem trazer tanto benefícios preventivos quanto terapêuticos à saúde intestinal, com ações diretas e indiretas na microbiota, imunidade e processos metabólicos do hospedeiro. A utilização desses compostos e microrganismos nas doenças estudadas demonstram resultados promitentes, principalmente, no campo dos probióticos. A partir da análise dos ensaios clínicos, as cepas promissoras no tratamento da DII foram Bifidobacterium, Lactobacillus, Enterococcus faecium (DC e RCU) e Clostridium butyricum (RCU). No entanto, salientamos a necessidade de estudos mais homogêneos no tratamento da DC com probióticos e prebióticos e o uso de prebióticos na SII.