A combination of hydrophobic chromatography on phenyl-Sepharose and reversed phase HPLC was used to purify individual tRNAs with high specific activity. The efficiency of chromatographic separation was enhanced by biochemical manipulations of the tRNA molecule, such as aminoacylation, formylation of the aminoacyl moiety and enzymatic deacylation. Optimal combinations are presented for three different cases. (i) tRNA(Phe) from Escherichia coli. This species was isolated by a combination of low pressure phenyl-Sepharose hydrophobic chromatography with RP-HPLC. (ii) tRNA(Ile) from E. coli: Aminoacylation increases the retention time for this tRNA in RP-HPLC. The recovered acylated intermediate is deacylated by reversion of the aminoacylation reaction and submitted to a second RP-HPLC run, in which deacylated tRNA(Ile) is recovered with high specific activity. (iii) tRNA(i)(Met) from Saccharomyces cerevisiae. The aminoacylated form of this tRNA is unstable. To increase stability, the aminoacylated form was formylated using E.coli: enzymes and, after one RP-HPLC step, the formylated derivative was deacylated using peptidyl-tRNA hydrolase from E.COLI: The tRNA(i)(Met) recovered after a second RP-HPLC run exhibited electrophoretic homogeneity and high specific activity upon aminoacylation. These combinations of chromatographic separation and biochemical modification can be readily adapted to the large-scale isolation of any particular tRNA.
Objetivos. Analizar la participación de la caperuza metil-guanosín-trifosfato (5´cap) y de la región inicial del ARN genómico del virus dengue serotipo 2 (DENV-2) genotipo Americano en la traducción, utilizando un sistema libre de células obtenido de placenta humana. Materiales y métodos. Se preparó el plásmido recombinante pTZ18R-D2 conteniendo el ADN que codifica la 5´UTR y los primeros 201 nucleótidos de la cápside viral. Este plásmido se utilizó para transcribir el ARN correspondiente (ARN-D2), sin la 5´cap. El ARN-D2 fue traducido en un sistema constituido por la fracción posmitocondrial (S-30) de placenta humana y se evaluó la incorporación de [ 14 C] aminoácidos en presencia del ARN-D2 y en su ausencia (control). Se diseñaron siete oligonucleótidos antisentido (OAs1-7) dirigidos contra secuencias de las estructuras SLA, SLB y cHP del ARN-D2 y se analizó el efecto de los mismos sobre la traducción ARN-D2. Resultados. El ARN-D2 produjo un incremento significativo (p<0,001) en la incorporación de [ 14 C] aminoácidos, con estimulación del 75% de la actividad traduccional respecto al control. El análisis de los productos de traducción mostró un pico de incorporación correspondiente a péptidos con peso molecular aparente cercano al esperado (7,746 kDa). El OAs5, complementario a una secuencia de la estructura SLB del ARN-D2, inhibió completamente la traducción. Conclusiones. El ARN-D2 fue traducido de manera específica y eficiente, bajo condiciones semejantes a las intracelulares en humanos, por un mecanismo alternativo independiente de la 5´cap, que involucraría a la estructura SLB. Este mecanismo podría considerarse como blanco en el desarrollo de terapias antisentido para inhibir la reproducción del virus.
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