The SARS-CoV-2 pandemic has seriously affected the population in Turkey. Since the beginning, phylogenetic analysis has been necessary to monitor public health measures against COVID-19 disease. In any case, the analysis of spike (S) and nucleocapsid (N) gene mutations was crucial in determining their potential impact on viral spread. We screened S and N regions to detect usual and unusual substitutions, whilst also investigating the clusters among a patient cohort resident in Kahramanmaraş city, in a restricted time span. Sequences were obtained by Sanger methods and genotyped by the PANGO Lineage tool. Amino acid substitutions were annotated comparing newly generated sequences to the NC_045512.2 reference sequence. Clusters were defined using phylogenetic analysis with a 70% cut-off. All sequences were classified as Delta. Eight isolates carried unusual mutations on the S protein, some of them located in the S2 key domain. One isolate displayed the unusual L139S on the N protein, while few isolates carried the T24I and A359S N substitutions able to destabilize the protein. Phylogeny identified nine monophyletic clusters. This study provided additional information about SARS-CoV-2 epidemiology in Turkey, suggesting local transmission of infection in the city by several transmission routes, and highlighting the necessity to improve the power of sequencing worldwide.

Amaç: Staphylococcus aureus, hastane kaynaklı ve toplum kökenli enfeksiyonların önemli bir nedenidir. S. aureus'un tıbbi implantlara ve konak dokuya tutunması ve olgun bir biyofilmin oluşması, kronik enfeksiyonların kalıcılığında önemli bir rol oynamaktadır. Çalışmamızın amacı, metisiline duyarlı S. aureus (MSSA) ve metisiline dirençli S. aureus (MRSA) izolatlarının biyofilm oluşturma potansiyelini belirlemek ve aralarındaki farkı gözlemlemektir. Gereç ve Yöntemler: Çalışmamıza Mikrobiyoloji laboratuvarına gönderilen çeşitli klinik örneklerden elde edilen toplam 200 S. aureus suşu (100 MRSA ve 100 MSSA) dahil edilmiştir. İzolatların tanımlanması Vitek MS (BioMerieux, Fransa) cihazı ile antibiyotik duyarlılıkları Vitek2 Compakt (BioMerieux, Fransa) otomatize sistemi ile belirlendi. Biyofilm üretimi, Mikrotitrasyon plak yöntemi kullanılarak çalışıldı. MSSA ve MRSA suşlarının biyofilm oluşturma yeteneği istatistiksel olarak incelendi. İstatistiksel anlamlılık düzeyi p

Amaç: Enfeksiyöz gastroenteritler, özellikle çocuklarda morbidite ve mortalitenin en önemli nedenlerinden biridir. Rotavirüs ve enterik adenovirüsler, enfeksiyöz gastroenteritlerin önemli viral etkenlerindendir. Çalışmamızda, akut gastroenterit ön tanısı ile laboratuvara gönderilen gaita örneklerinde; rotavirüs ve adenovirüs pozitifliği ile etkenlerin cinsiyet, yaş ve mevsimsel dağılımının belirlenmesini amaçladık.Gereç ve Yöntemler: Temmuz 2015-Haziran 2019 tarihleri arasında çeşitli kliniklerden akut gastoenterit ön tanısı ile mikrobiyoloji laboratuvarına gönderilen gaita örnekleri rotavirüs ve adenovirüs varlığı açısından incelendi. Gaita örneklerini incelemede kalitatif immunokromotografik yöntem ile çalışan Simple/StickRota Adeno (Operon, İspanya) kiti kullanılmıştır. Çalışma verilerini retrospektif olarak inceledik. İstatistiksel değerlendirmeler, “Ki-Kare (Chi square) testine” göre yapıldı.Bulgular: Çalışmaya dahil edilen 5294 örneğin, 472’sinde (%8.91) rotavirüs pozitifliği; 237’sinde (%4.4) ise adenovirüs pozitifliği saptanmıştır. Rotavirüs pozitifliği 13-24 ay arasında 104 (%22) ve 2-5 yaş arasında 116 (%24.5); adenovirüs pozitifliği 2-5 yaş arasında 38 (%16) ve 18 yaş üstünde 85 (%35.8) olarak saptanmıştır. Mevsimsel olarak rotavirüs enfeksiyonlarının 179’u (%37.9) ilkbahar, 153’ü (%32.5) kış; adenovirüs enfeksiyonlarının 65’i (%27.4) kış, 61’i (%25.8) yaz aylarında saptanmıştır.Sonuç: Viral gastroenterit etkenlerinden rotavirüs ve adenovirüs, dışkıda bakılan antijen testleriyle kolaylıkla tespit edilebilir. Rotavirüs ve adenovirüs pozitiflik oranlarının, yaş, cinsiyet ve mevsimsel dağılımlarının bilinmesi bölgesel ve ülke çapında verilere katkı sağlayacaktır.