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El maíz es esencial para la alimentación humana y animal en muchos países; particularmente, los maíces con calidad de proteína (MCP) pueden mejorar la dieta de personas con acceso escaso a proteína animal. El objetivo de este estudio fue generar la huella genómica de seis líneas de MCP y sus 15 cruzas simples, analizar la morfometría del pericarpio de las semillas y relacionar ambos aspectos con su calidad de proteína. Las semillas fueron proporcionadas por el Campo Experimental Valle de México del Instituto Nacional de Investigaciones Forestales, Agrícolas y Pecuarias (INIFAP, México). Se hizo la amplificación aleatoria anclada del ADN polimórfico (RAMPD) y el dendrograma se desplegó (NTSYS) con la distancia de Nei y Li. Para las mediciones del pericarpio se hicieron cortes transversales con microtomo en las semillas y se observaron al microscopio. Los experimentos se realizaron (2017) con tres repeticiones (