The aim of this study was to determine the presence of species of the genus Eimeria species in naturally infected bovines in Southern Bahia, Northeast Brazil. The study population comprised 117 Zebu crossbred cattle that belonged to 10 dairy herds with extensive or semi-extensive production systems. The modified Gordon and Whitlock technique was used to determine positive samples and number of oocysts per gram of feces. Statistical analyses were performed using the chi-square test with Yates correction and a 95% confidence interval. Thirty-nine cattle (33.33%) were positive, and ten different species were identified in infected animals: E. bovis (24.79%); E. canadensis (8.55%); E. zuernii (6.83%); E. ellipsoidalis (5.99%); E. cylindrica (3.42%); E. auburnensis (3.42%); E. brasiliensis (2.56%); E. bukidnonensis (1.71%); E. alabamensis (0.85%), and E. subspherica (0.85%). Higher parasitism was observed in animals up to one year of age (p = 0.005), but no animal presented clinical signs of the disease. As the presence of clinical eimeriosis was not evidenced and all animals were Zebu crossbred cattle from extensive or semi-extensive production systems, further studies should be conducted to investigate the effects of these factors on disease development.Keywords: Coccidian, dairy cattle, age group, frequency. ResumoO objetivo deste estudo foi determinar a presença de espécies do gênero Eimeria em bovinos naturalmente infectados, na região Sudeste da Bahia, Nordeste do Brasil. A população do estudo incluiu 117 bovinos mestiços de raças Zebuínas que pertenciam a 10 fazendas leiteiras com sistemas de produção extensivo ou semiextensivo. A técnica de Gordon e Whitlock modificada foi utilizada para determinar as amostras positivas e o número de oocistos por grama de fezes. A análise estatística foi realizada utilizando o teste do qui-quadrado com correção de Yates e intervalo de confiança de 95%. Trinta e nove animais (33,33%) foram positivos, e dez diferentes espécies foram identificadas nos animais infectados: E. bovis (24,79%), E. canadensis (8,55%), E. zuernii (6,83%), E. ellipsoidalis (5,99% ), E. cylindrica (3,42%), E. auburnensis (3,42%), E. brasiliensis (2,56%), E. bukidnonensis (1,71%), E. alabamensis (0,85%) e E. subspherica (0,85%). Maior parasitismo foi observado em animais com até um ano de idade (p = 0,005), mas nenhum animal apresentou sinais clínicos que fossem compatíveis com a parasitose. Como não foi observado presença de eimeriose clínica e como todos os animais eram mestiços zebuínos e pertencentes ao sistema de criação extensivo ou semiextensivo, novos estudos devem ser conduzidos para comprovar a influência desses fatores no surgimento da doença.Palavras-chave: Coccídio, gado leiteiro, faixa etária, frequência.