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La información es el elemento más valioso para cualquier organización o persona en este nuevo siglo, la cual, para muchas de ellas, es un instrumento para crear ventaja competitiva (Vásquez & Gabalán, 2015). Sin embargo, pese a la falta de conocimiento sobre cómo protegerla adecuadamente, o a la complejidad de las normas internacionales que indican los procedimientos para lograr un adecuado nivel de protección, muchas organizaciones, en especial el sector MPYME, no logra alcanzar este objetivo.Por lo tanto, este estudio propone una metodología de seguridad de la información para la gestión del riesgo informático aplicable al entorno empresarial y organizacional del sector MPYME ecuatoriano. Para el efecto, se analizan comparativamente varias metodologías de amplia divulgación, como: Magerit, CRAMM (CCTA Risk Analysis and Management Method), OCTAVE-S, Microsoft Risk Guide, COBIT 5 y COSO III. Estas metodologías son internacionalmente utilizadas en la gestión del riesgo de información; a la luz de los marcos de referencia de la industria: ISO 27001, 27002, 27005 y 31000.