El estudio tuvo como objetivo describir las características morfológicas e histológicas de los ovarios de dos grupos genéticos de cuyes de América Latina. Se recolectaron ovarios de 20 cuyes mejorados y 20 nativos después del sacrificio. Se pesó y midió un ovario de cada animal, se contaron los folículos visibles en la superficie ovárica y se colectaron los ovocitos mediante cortes seriados de la corteza ovárica. Los ovarios contralaterales se utilizaron para preparar cortes histológicos y cuantificar los folículos. El peso corporal y la longitud y peso de los ovarios fueron significativamente mayores en los cuyes mejorados que en los nativos (p<0.01). El peso de los ovarios fue mayor en diestro que en proestro (p=0.0632) en los animales mejorados. El número de folículos primordiales, primarios, secundarios y totales no difirió entre los grupos genéticos. El número de folículos antrales fue significativamente mayor en los cuyes mejorados que en los nativos. El grosor de la zona pelúcida y el diámetro de los ovocitos no difirieron entre los grupos. El grosor de la zona pelúcida fue significativamente mayor en los ovocitos de la categoría A que en los de la B y C en ambos grupos de cuyes. En conclusión, los ovarios de los cuyes mejorados fueron más pesados y largos que los de los animales nativos. El número de folículos antrales fue mayor en los cutes mejorados que en los nativos. El grosor de la zona pelúcida y el diámetro de los ovocitos fueron similares en ambos grupos de cuyes.