La evaluación de la calidad de agua en ecosistemas fluviales en áreas urbanas en el trópico, basada en la utilización de diatomeas, es escasa. Este estudio exploratorio pretendió establecer la composición y riqueza de especies de diatomeas en relación con los parámetros físicos químicos como elemento base para un monitoreo de la microcuenca urbana del río Pirro, Heredia, Costa Rica. Los materiales se colectaron en la parte alta, media y baja del río durante la época seca, lluviosa y de transición. Se analizó el pH, el oxígeno disuelto, la conductividad, la temperatura y la composición de diatomeas raspando una superficie de 20 cm x 20 cm de rocas. Se observaron 18 especies de diatomeas con poca abundancia, con presencia de Navicula seminulum, N. minima y N. cryptotenella que son indicadoras de condiciones moderadas de contaminación y del género Nitzschia que presenta especies tolerantes a contaminantes. La mayor diversidad de especies de diatomeas ocurrió en la época lluviosa y se observaron diferencias significativas entre las épocas del muestreo y la riqueza de especies. Se concluye, con base en la presencia de especies, que el río Pirro presenta condiciones sanitarias malas y que el cauce bajo es el sitio más afectado por la contaminación. Pero es necesario aumentar la información en esta temática.