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La Comuna Cerrito de los Morreños recibe la influencia de las aguas servidas vertidas directamente por los comuneros y de las provenientes de la ciudad de Guayaquil lo que incide en la calidad del agua, los sedimentos y la biota del área de estudio, produciendo la proliferación de microorganismos patógenos, los cuales tendrán efectos directos sobre la población, debido al consumo de agua subterránea (pozos) y al uso de los servicios ambientales que otorga el ecosistema acuático y del manglar que rodea esta comunidad. En el presente trabajo se recurrió a las bacterias coliformes como indicadores de contaminación orgánica, aplicando la técnica del Número Más Probable (NMP). Los resultados promedio analizados, comparados y correlacionados con la matriz agua de las cuatro estaciones seleccionadas del estuario es la siguiente: las bacterias totales presentaron concentraciones de 9.3 a 43.8 x 102 UFC/ml, los coliforrnes totales se encontraron en concentraciones de 22 a 54 x 102 NMP/1 OOml y los coliformes 102 fecales de 9.3 a 92 x 102 NMP/IOOml, con respecto al uso del agua del estuario, según las estaciones, las numero 3 y 4 por su bajo nivel de concentración bacteriológica se puede aprovechar en actividades recreativas (natación y pesca), mientras que los análisis en el agua del pozo comunitario las concentraciones fueron < 1.8 NMP/IOOml para coliformes totales y fecales, sin embargo en el pozo privado se observó a presencia de coliformes totales en concentraciones mayores a 1600 NMP/IOOml y de 33 a 240 NMP/IOOml para coliformes fecales. Lo que permite concluir que la calidad del agua del pozo comunitario que consumen los habitantes de la Comunidad es apta para el uso doméstico, mientras que el agua del pozo privado necesita de un tratamiento previo para su consumo. Los datos de sedimento muestran la tendencia de ser sitios propios para el desarrollo de bacterias, as cuales tienen relación con las descargas directas de aguas residuales domésticas y de los desechos orgánicos de los animales de corral de la comunidad.