Objetivo: Comparar o aumento percentual da área da secção reta transversal de canais radiculares, no nível de 3 mm aquém do ápice radicular, após instrumentação com dois sistemas de instrumento único. Métodos: Dezenove primeiros molares inferiores extraídos tiveram as raízes mesiais seccionadas no nível de 3 mm aquém do ápice radicular, sendo os 2 milímetros finais de cada raiz removidos e descartados, para proceder a mensuração da área pré-operatória, através de estereomicroscopia. As raízes foram instrumentadas com os sistemas SAF e Reciproc R25.08 e procedeu-se nova mensuração para comparação do aumento percentual da área. O aumento percentual da área da secção reta transversal foi comparado e analisado estatisticamente pelo teste t de Student. O nível de significância foi estabelecido em 5% (p < 0,05). Resultados: O aumento percentual da área dos canais foi significativamente maior para o grupo Reciproc (p = 0,001) em comparação com o grupo SAF. Os canais instrumentados com o sistema SAF tiveram sua área aumentada em média 53,5%, enquanto que nos instrumentados com o sistema Reciproc a média foi 154,5%. Conclusão: O sistema Reciproc proporcionou um aumento percentual da área da secção reta transversal dos canais radiculares, no nível dos 3 mm apicais, 3 vezes maior que o sistema SAF.