RESUMENLas microalgas poseen atributos para la bioindicación, el estudio de algas perifíticas en ecosistemas fluviales tropicales, es de vital importancia ya que permite interpretar la dinámica de estos ecosistemas con importancia ecológica y con vocación para ofrecer servicios de abastecimiento. Para este estudio se seleccionaron tributarios de la cuenca media del río Gaira (SNSM), se evaluó el proceso sucesional de microalgas perifíticas, siguiendo el avance de la comunidad desde enero hasta abril de 2012, mediante la metodología de sustratos artificiales. El propósito fue analizar la variación en la estructura de la comunidad, durante el proceso de sucesión y evaluar los factores ambientales que determinan esta variación en un rio tropical. Los resultados destacan caudal, luz y oxígeno disuelto los cuales presentaron los valores más altos para el tributario C (Jabalí); el pH fue ligeramente básico para todos los sitios, la temperatura y conductividad presentaron valores más altos en el tributario A (Honduras). Durante las primeras semanas de exposición del sustrato Melosira varians y Lyngbya sp. fueron dominantes para los tributarios A y B (La Picúa), mientras que para el tributario C lo fueron Fragilaria sp., Nitzschia sp. y Melosira varians. Después de la cuarta semana de colecta se registraron los mayores valores de diversidad y riqueza de especies. Fueron más notorios los cambios en densidad que en composición de especies, a pesar de esto el proceso de sucesión fue completo y se evidenció la presencia de especies pioneras (Lyngbya sp., Nitzschia sp.), intermedias (Melosira varians, Cocconeis placentula) y tardías (Surirella sp.).Palabras clave: especies intermedias, especies pioneras, especies tardías, microalgas, perifiton, sucesión. ABSTRACTMicroalgae have attributes for bioindication, the study of periphytic algae in tropical river ecosystems, is vital as it allows interpreting the dynamics of these ecosystems and ecological importance vocation to offer catering services. For this study were selected tributaries of the middle basin of Gaira (SNSM) River, the successional process periphytic microalgae was evaluated following the progress of the community from January to April 2012, using the methodology of artificial substrates. The purpose was to analyze the variation in community structure during the succession process and assess environmental factors that determine this variation in a tropical river. The results highlight flow, light and dissolved oxygen which presented the highest for tax C (Jabalí) values; the pH was slightly basic for all sites, temperature and conductivity showed the highest values in the tax A (Honduras). During the first weeks of exposure of the substrate Melosira varians and Lyngbya sp. were dominant for tributary A and B (La Picúa), while for the tributary C they were Fragilaria sp, Nitzschia sp and Melosira varians. After the fourth week of collecting the highest values of diversity and species richness recorded. Were greatest density changes in species composition, despite ...