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La Clorofila-a es un indicador de la biomasa del fitoplancton, que puede ser utilizado para predecir la presencia de peces en el océano. Al predecir la Chl-a con suficiente tiempo, se puede utilizar en la planificación de las operaciones navales que combaten la pesca ilegal, no regulada y no reglamentada, por cuanto se identifica el lugar donde existirá mayor actividad pesquera, para incrementar su vigilancia. En este trabajo, proponemos una novel técnica basada en la aplicación de la teoría de la transformada discreta de Fourier, al modelo de regresión multivariable espacio-temporal desarrollado, que considera las variables físicas y biogeoquímicas del océano para la predicción de la clorofila-a, alrededor de las Islas Galápagos. Este trabajo considera datos de acceso libre del programa espacial Copérnico de la Unión Europea.