La innovación es uno de los factores competitivos claves que deben desarrollar las empresas para asegurar su supervivencia. La situación de desventaja de la PYME y las características propias de las inversiones en innovación, justifican la intervención pública vía ayudas gubernamentales a la innovación en la PYME. Las ayudas financieras tienen como objetivo motivar un mayor esfuerzo innovador que recaiga en un aumento de la riqueza social. Este trabajo tiene como propósito estudiar las ayudas públicas a la innovación en la PYME, analizando la relación entre el comportamiento innovador y el rendimiento. Para ello se realiza un estudio empírico sobre 143 PYME industriales del estado de Yucatán, en México. La información se recoge a través de un cuestionario dirigido al gerente de la empresa, y se analiza aplicando técnicas univariantes y multivariantes. Los resultados muestran que: 1) el comportamiento innovador (CI) actual de las empresas subvencionadas es superior al de las no subvencionadas; 2) que el CI aumenta después del apoyo gubernamental y 3) que el CI afecta positivamente a la evolución del rendimiento. Sin embargo, el efecto de las ayudas públicas es nulo sobre el rendimiento. Los resultados obtenidos son de gran interés para las administraciones de cara al diseño de los programas de ayudas públicas a la innovación de la PYME.