A família Orchidaceae conta com aproximadamente 25.000 espécies e 700 gêneros e uma média de 13 gêneros novos de orquídeas são descritos por ano. O gênero Cattleya pertence a subtribo Laeliinea (Epidendroideae) e apresenta uma grande variedade de plantas naturais e híbridos. Muitas descrições dos novos gêneros e espécies, bem como a elucidação da origem de espécies incluem análises moleculares. Neste contexto, marcadores moleculares como SSR fornecem meios para identificar e designar táxons vegetais, além de detecção de diversidade genética e eventos de hibridação. A especificidade desse marcador exige um protocolo de extração de DNA que ofereça amostras com quantidade de DNA suficiente e padrões de qualidade em relação a pureza das amostras. Portanto, o objetivo do presente trabalho foi o estabelecimento de um protocolo eficiente para a extração e quantificação de DNA de cinco espécies do gênero Cattleya para posterior aplicação de marcadores SSR. Foram testados três métodos de extração de DNA para as cinco espécies do gênero Cattleya utilizando tecido foliar jovem e fresco, tecido foliar jovem e congelado e tecido foliar maduro e fresco. Dois métodos mostraram-se adequados para a extração de DNA nas espécies do gênero Cattleya e proporcionaram amostras com quantidade e qualidade de DNA adequadas para a utilização de marcadores moleculares.