Em bioinformática, existem vários programas disponíveis para análise de sequências de DNA. Esta é geralmente uma tarefa muito demorada, uma vez que essas sequências de DNA podem ser muito longas e complexas. O montador Velvet foi projetado para montar dados de sequenciamento de leitura curta e longa em sequências genômicas mais longas. A última versão do Velvet foi desenvolvida para funcionar com várias threads usando programação paralela com OpenMP. Aqui apresentamos uma nova versão do Velvet que explora multiprocessamento e unidades de processamento gráfico (GPU) por meio de diretivas OpenACC. Nossos testes demonstram que essa extensão do Velvet permite um desempenho mais rápido e uso de memória mais eficiente.

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This paper presents a description and the evaluation of the Netuno supercomputer, a high-performance cluster installed at Federal University of Rio de Janeiro in Brazil.The results for the High Performance Linpack (HPL) benchmark and two real applications are reported. Since building a high-performance cluster for running a wide range of applications is a non-trivial task, some lessons learned from assembling and operating this cluster, such as the excelent performance of the OpenMPI library, and the importance of the use an efficient parallel file system over the traditional NFS system, can be useful knowledge to support the design of new systems. Currently, Netuno is being heavily used to run large scale simulations in the areas of ocean modeling, meteorology, engineering, physics, and geophysics.

Este artigo apresenta a arquitetura e os resultados da avaliação de desempenho do supercomputador Netuno, um cluster de alto desempenho recentemente instalado na UFRJ. São apresentados detalhes tanto de sua arquitetura como dos softwares básicos e de middleware utilizados na sua construção. Os resultados de avaliação obtidos registram um desempenho de 16,2 Tflops sustentados para o benchmark HPL (High Performance Linpack), o que colocou o supercomputador Netuno na 138ª posição na lista Top500 de junho de 2008. Atualmente, o supercomputador Netuno atende diversas instituições de ensino e pesquisa no Brasil, participantes das redes temáticas de pesquisa de Geofísica Aplicada e de Oceanografia (REMO), patrocinadas pala Petrobras.